Un décret publié ce 18 septembre resserre la durée d'indemnisation

C'est la mesure la plus directement perceptible par les assurés. Jusqu'ici, un salarié en arrêt de travail depuis plus de six mois pouvait, sous certaines conditions, percevoir des indemnités journalières (IJ) pendant trois ans, la même durée que les personnes reconnues en affection de longue durée (ALD), alors que le droit commun plafonne à 360 jours d'indemnisation sur une période de trois ans. Ce régime « dérogatoire » concernait des assurés qui ne sont pourtant pas en ALD.

Le décret publié au Journal officiel du 18 septembre 2026 (décrets n° 2026-866 et 2026-867 du 16 septembre) ramène cette durée maximale dérogatoire de trois ans à un an. Les personnes en ALD, elles, conservent le régime des trois ans.

Attention à la date d'application : les nouvelles règles valent pour les arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026, avec des dispositions transitoires pour les arrêts en cours qui atteindraient le seuil des six mois après cette date. Autrement dit, la réforme ne s'applique pas rétroactivement aux situations déjà installées, mais elle changera la donne pour les arrêts qui commencent cet automne.

Le périmètre est large : salariés du régime général et du régime agricole, clercs et employés de notaires, travailleurs indépendants, ministres du culte, ainsi que certains fonctionnaires et magistrats.

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Pourquoi ce coup de frein ? Les chiffres avancés par le ministère

Le raisonnement du gouvernement s'appuie sur trois constats.

Le premier est budgétaire. En 2023, ces arrêts dérogatoires ont représenté 3,2 milliards d'euros pour 400 000 arrêts, soit trois fois plus de dépenses pour l'Assurance maladie que les arrêts des personnes en ALD.

Le deuxième est dynamique : le nombre de ces arrêts progresse de plus de 6 % par an, contre environ 1 % par an pour les patients en ALD.

Le troisième, et c'est celui qui fonde toute la partie « soins » de l'annonce, porte sur la qualité de la prise en charge. Les principales pathologies concernées sont la dépression légère et les troubles musculosquelettiques (TMS). Or, selon le ministère, il n'existe pas toujours de véritable suivi médical parallèle à l'arrêt : près de 30 % des personnes en arrêt pour une maladie du système ostéo-articulaire, des muscles et du tissu conjonctif ayant bénéficié d'un arrêt dérogatoire long en 2022 n'avaient pas consulté de kinésithérapeute dans l'année.

C'est le cœur du message ministériel : un arrêt long sans soins ne soigne pas. Et plus l'arrêt se prolonge sans accompagnement, plus le risque de désinsertion professionnelle augmente.

Le vrai pari : construire des parcours de soins, pas seulement raccourcir les arrêts

En contrepartie du resserrement de l'indemnisation, la ministre annonce deux chantiers destinés à combler ce vide de prise en charge.

Santé mentale : un parcours coordonné généralisé en 2027

Les troubles psychiques représentent une part croissante des arrêts dérogatoires longs. Le ministère veut déployer un parcours coordonné renforcé d'appui au premier recours en santé mentale, directement inspiré de deux expérimentations dites « Article 51 » jugées concluantes : SESAME et le DSPP (Dispositif de soins partagés en psychiatrie).

Ce futur dispositif reposerait sur cinq principes :

  • un rôle central confié au médecin traitant ;
  • l'appui d'infirmiers spécialisés chargés de coordonner le parcours ;
  • un accès facilité à l'expertise psychiatrique ;
  • un suivi structuré et gradué des patients ;
  • une meilleure coordination entre acteurs du soin et de l'accompagnement.

Les travaux doivent démarrer dans les prochaines semaines, en vue d'une généralisation à compter de 2027, avec un volet spécifique sur l'articulation avec le maintien dans l'emploi.

Pour un salarié, l'enjeu est concret : aujourd'hui, obtenir un rendez-vous avec un psychiatre peut prendre plusieurs mois. Un parcours coordonné suppose que le médecin traitant ne reste pas seul face à une situation qu'il ne peut ni suivre finement ni orienter rapidement.

Douleurs chroniques et TMS : une expérimentation à partir de janvier 2027

Deuxième chantier, une nouvelle expérimentation « Article 51 » consacrée à la prise en charge coordonnée des douleurs chroniques. Elle associerait médecins traitants, médecins spécialistes, infirmiers et/ou masseurs-kinésithérapeutes coordonnateurs, et équipes spécialisées en santé au travail.

Une attention particulière sera portée aux personnes en arrêt prolongé pour TMS, avec cinq objectifs affichés : repérer plus tôt les situations à risque, améliorer l'accès aux soins spécialisés et à la réadaptation, renforcer la coordination entre professionnels, prévenir la chronicisation de la douleur et faciliter le maintien ou le retour à l'activité.

Les modalités opérationnelles seront définies avec les professionnels concernés et les acteurs de terrain, pour un déploiement progressif à compter de janvier 2027.

Un point de vigilance mérite d'être noté : le resserrement de l'indemnisation s'applique dès le 15 octobre 2026, tandis que les parcours de soins censés l'accompagner ne monteront en charge qu'en 2027. Le calendrier laisse donc une période intermédiaire où la contrainte arrive avant l'appui.

Nomadisme médical : de nouvelles sanctions possibles

Second volet de l'annonce, la lutte contre les abus. Le ministère chiffre le phénomène : en 2024, plus de 13 000 assurés se sont vu prescrire des arrêts de travail par cinq médecins généralistes libéraux différents dans l'année, pour une moyenne de 12,4 jours d'arrêt par prescription.

Le ministère reconnaît que consulter plusieurs médecins peut être médicalement justifié (déménagement, absence du médecin traitant, désert médical, demande d'un second avis). Mais certaines situations relèvent, selon lui, de l'abus caractérisé.

La Cnam est donc invitée à cibler spécifiquement les arrêts courts répétitifs et le nomadisme médical dans son plan de contrôle des assurés. Et le décret publié ce 18 septembre ouvre la possibilité, pour l'Assurance maladie, de prononcer une sanction à l'encontre d'un assuré qui abuserait de sa qualité d'assuré social pour obtenir des prescriptions d'arrêt injustifiées, sans lien avec son état de santé.

Une garantie procédurale est prévue : la sanction doit être précédée d'un échange contradictoire avec l'assuré, destiné à établir qu'il s'agit bien d'un abus manifeste.

La position de la ministre

« Les personnes confrontées à des troubles psychiques ou à des douleurs chroniques ne doivent jamais avoir à choisir entre se soigner et conserver leur emploi. En nous appuyant sur des dispositifs qui ont démontré leur pertinence sur le terrain, nous faisons le choix d'accélérer l'accès à des parcours de santé plus complets et plus efficaces afin de favoriser le rétablissement des patients, de prévenir la désinsertion professionnelle que peuvent occasionner les arrêts de longue durée, et donc de faciliter le retour à l'emploi lorsque celui-ci est possible. Pour que l'arrêt de travail longue durée ne soit pas la seule réponse apportée de la collectivité face à ces pathologies, je suis convaincue qu'il faut investir dans les parcours de réadaptation et de réhabilitation. »

Stéphanie Rist, ministre de la Santé, des Familles, de l'Autonomie et des Personnes handicapées

Ce qu'il faut retenir

  • Durée d'indemnisation : le régime dérogatoire au-delà de six mois passe de 3 ans à 1 an, hors ALD.
  • À partir de quand : arrêts prescrits dès le 15 octobre 2026, avec des règles transitoires pour les arrêts en cours.
  • Qui n'est pas concerné : les personnes en ALD conservent les 3 ans.
  • Santé mentale : parcours coordonné inspiré de SESAME et du DSPP, généralisation visée en 2027.
  • TMS et douleurs chroniques : expérimentation « Article 51 » à compter de janvier 2027.
  • Abus : l'Assurance maladie peut désormais sanctionner un assuré en cas d'abus manifeste, après échange préalable.
  • Le conseil pratique : en arrêt long, un suivi médical actif (kinésithérapie, suivi psychologique, visite de pré-reprise auprès du médecin du travail) devient d'autant plus déterminant que la durée d'indemnisation se resserre.