Trois jours sans revenu. C'est, en principe, ce qu'implique un arrêt maladie pour un salarié du secteur privé : les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne sont versées qu'à partir du quatrième jour d'arrêt, après un délai de carence de trois jours fixé par le Code de la sécurité sociale. Mais ce principe souffre de nombreuses exceptions, puisqu'une convention collective de branche, un accord d'entreprise ou une simple décision de l'employeur peuvent prévoir l'indemnisation de tout ou partie de ces trois jours, le plus souvent à la charge de l'employeur, parfois avec le concours d'un régime de prévoyance complémentaire.

La Dares, service statistique du ministère du Travail, a voulu mesurer l'ampleur réelle de ces exceptions. Son Focus n° 39, signé Ludovica Fiaschetti, s'appuie sur l'enquête annuelle Acemo sur le dialogue social en entreprise (DSE), menée courant 2025 auprès d'un échantillon représentatif des 274 000 entreprises françaises de dix salariés ou plus du secteur privé. Verdict : la couverture existe, mais elle est loin d'être générale.

45 % des entreprises, mais 66 % des salariés

En 2024, 45 % des entreprises de dix salariés ou plus du secteur privé non agricole déclaraient indemniser leurs salariés pour les trois premiers jours d'arrêt maladie, que ce soit intégralement ou partiellement. Dans le détail, 22 % le font pour l'ensemble de leurs salariés et 23 % pour une partie d'entre eux seulement — selon l'ancienneté dans l'entreprise, par exemple. À l'inverse, 46 % des entreprises n'indemnisent pas du tout ces trois jours, les 10 % restants n'ayant pas su ou pas voulu répondre.

L'image change sensiblement si l'on raisonne en nombre de salariés plutôt qu'en nombre d'entreprises. Les entreprises qui indemnisent emploient en effet 66 % des salariés du champ, contre 27 % pour celles qui n'indemnisent pas. Autrement dit : deux salariés sur trois travaillent dans une entreprise où la carence est, au moins pour certains, neutralisée. L'écart entre les deux mesures dit déjà l'essentiel de l'étude — ce sont les grandes entreprises qui indemnisent.

Autre enseignement, la prise en charge est rarement partielle : dans neuf cas sur dix, les entreprises qui indemnisent couvrent bien les trois jours de carence, et non un ou deux.

Plus l'entreprise est grande, plus elle indemnise

La taille de l'entreprise constitue le premier facteur discriminant. Parmi les entreprises de 500 salariés ou plus, 81 % indemnisent les trois premiers jours d'arrêt : 25 % pour l'ensemble de leurs salariés et 56 % pour une partie seulement. La proportion tombe à 41 % chez les entreprises de 10 à 49 salariés, soit deux fois moins.

L'effet résiste au contrôle statistique. À caractéristiques équivalentes — même branche, même configuration du dialogue social — les entreprises de 500 salariés ou plus ont une propension à indemniser 1,9 fois supérieure à celle des entreprises de 10 à 49 salariés.

Un détail mérite l'attention : cette montée en puissance avec la taille ne concerne que les indemnisations réservées à une partie des salariés. La part d'entreprises qui indemnisent tous leurs salariés, elle, ne varie guère d'une tranche de taille à l'autre. Les grandes entreprises n'offrent donc pas tant une couverture plus universelle qu'une couverture plus fréquente, mais souvent conditionnée — à l'ancienneté, au statut, ou à des critères propres à chaque accord.

De 85 % dans la métallurgie à 13 % dans l'hôtellerie-restauration

C'est toutefois la branche professionnelle qui creuse les écarts les plus spectaculaires. En tête, la Métallurgie et sidérurgie : 85 % des entreprises y indemnisent les jours de carence, et ces entreprises emploient 94 % des salariés de la branche. Suivent les Bureaux d'études et prestations de services aux entreprises (74 %), les Services de l'automobile (73 %), les Banques, établissements financiers et assurances (71 %), la Chimie et pharmacie (70 %) et le Verre et matériaux de construction (69 %). Dans tous ces regroupements, plus de 80 % des salariés sont concernés — jusqu'à 95 % dans la banque et l'assurance.

À l'autre extrémité du classement, l'Hôtellerie, restauration et tourisme ferme la marche avec 13 % d'entreprises indemnisant les jours de carence. Le Commerce principalement alimentaire suit à 16 %, devant le Nettoyage, manutention, récupération et sécurité (20 %), l'Agroalimentaire (21 %) et le Commerce de détail principalement non alimentaire (23 %). Là encore, l'effet de taille corrige partiellement le tableau : dans le commerce alimentaire, les entreprises qui indemnisent, bien que minoritaires, emploient tout de même 57 % des salariés de la branche.

Toutes choses égales par ailleurs, y compris à taille d'entreprise comparable, une entreprise de la métallurgie a une propension à indemniser 4,5 fois supérieure à celle d'une entreprise de la Culture et communication, prise comme référence. Celles du Nettoyage, manutention, récupération et sécurité affichent la propension la plus faible, dix fois inférieure à cette même référence.

La convention collective, principal véhicule

Ces écarts entre branches s'expliquent largement par le mode d'encadrement de la pratique. Parmi les entreprises qui indemnisent, 66 % déclarent que cette prise en charge découle d'un accord de branche ou d'une convention collective. L'accord d'entreprise (y compris de prévoyance) et la décision unilatérale de l'employeur ne pèsent que 9 % chacun, les autres modes d'encadrement 6 %, et 5 % des entreprises indiquent que la pratique n'est encadrée par aucun texte.

Autrement dit, l'indemnisation des jours de carence se joue d'abord au niveau de la branche, et beaucoup moins dans l'entreprise elle-même. Un salarié est ainsi couvert ou non moins par la politique sociale de son employeur que par le secteur dans lequel il travaille.

Un marqueur de la vitalité du dialogue social

Dernier facteur identifié par la Dares : l'intensité du dialogue social interne. L'indemnisation est nettement plus fréquente dans les entreprises où se tiennent des négociations collectives (68 %, contre 40 % dans le cas inverse) et dans celles dotées d'instances représentatives du personnel. Les entreprises disposant d'une couverture syndicale indemnisent dans 71 % des cas, contre 34 % pour celles sans aucune instance.

La modélisation confirme ces corrélations : à profil équivalent, une entreprise ayant ouvert une négociation collective a une probabilité d'indemniser 1,4 fois supérieure. Et par rapport à une entreprise dépourvue d'instance représentative, celle qui dispose d'une couverture syndicale affiche une propension 3,6 fois supérieure ; celle qui compte des élus sans couverture syndicale, 2,5 fois supérieure.

Un cas particulier échappe enfin à ces logiques : en Alsace-Moselle, le régime local d'assurance maladie prévoit, sous conditions, le maintien du salaire dès le premier jour d'arrêt, annulant de fait l'effet de la carence. Les entreprises y employant des salariés figurent dans le champ de l'étude, mais l'enquête ne permet pas de les isoler.

Encadré — Méthodologie. L'enquête Acemo sur le dialogue social en entreprise est menée chaque année par la Dares depuis 2006. L'édition 2025, dont sont issus ces résultats portant sur 2024, couvre un échantillon représentatif des 274 000 entreprises de dix salariés ou plus du secteur privé situées en France (hors Mayotte), hors agriculture, particuliers employeurs et activités extraterritoriales, qui emploient environ 16,5 millions de salariés. Les résultats s'appuient sur 11 400 réponses exploitables.

Source : Dares, « Les entreprises indemnisent-elles les jours de carence pour arrêt maladie ? », Dares Focus n° 39, septembre 2026.