C'est un constat d'échec pour la politique du « remplacement systématique » érigée en priorité nationale. Dans son rapport public publié en décembre 2025, la Cour des comptes révèle qu'au cours de l'année scolaire 2023-2024, 9 % du temps d'enseignement n'a pas été assuré dans les collèges publics. Ce chiffre, en légère hausse par rapport à l'année de référence 2018-2019 (8 %), équivaut à plus de trois semaines de cours « évaporées » pour les élèves.

Une facture salée pour des résultats mitigés

Le plus alarmant réside dans l'inefficacité des moyens financiers déployés. Les crédits consommés pour le remplacement dans le second degré public ont bondi de 52 % depuis 2018, atteignant 2,16 milliards d'euros en 2024. Au total, la Cour estime le coût global des absences (remplacements et traitements versés pour des heures non faites) à la somme colossale de 3,57 milliards d'euros. Pour faire face à la Pénurie d'enseignants, Michel Barnier proposait de mobiliser les professeurs retraités.
Pourtant, la performance se dégrade :
  • Remplacement de longue durée (plus de 15 jours) : Le taux d'efficacité a chuté, passant de près de 97 % en 2018-2019 à 94 % en 2024-2025.
  • Remplacement de courte durée (RCD) : Malgré la mise en place du « Pacte enseignant », qui a fait tripler les dépenses dédiées (de 27 à 102 millions d'euros), seulement 12 % des heures de courte durée ont été remplacées l'an dernier.

Santé et motifs institutionnels : les causes de l'absentéisme

Si les vacances de postes (pénurie de recrutement) jouent un rôle, la Cour pointe deux facteurs majeurs expliquant ces absences :
  1. L'explosion des arrêts maladie : Les enseignants, comme le reste des salariés, sont plus souvent absents pour raison de santé. Entre 2018 et 2024, les congés de maladie ordinaire ont augmenté de 41,3 % et les temps partiels thérapeutiques ont bondi de 250 %. La Cour regrette à ce titre une politique de prévention sanitaire insuffisante au ministère.
  2. Les absences « institutionnelles » : C'est le mal français pointé par les magistrats. 36 % des absences de courte durée sont causées par le fonctionnement même de l'institution : formations sur temps scolaire, réunions pédagogiques, jurys d'examens ou sorties scolaires. L'État génère ainsi lui-même un tiers du temps perdu par les élèves.

La double peine des inégalités

Ce temps perdu ne frappe pas tous les collégiens avec la même intensité, renforçant les fractures sociales et territoriales.
  • L'éducation prioritaire (REP) : C'est là que le temps perdu est le plus important (11 % des heures non assurées contre 8 % ailleurs). Les élèves les plus fragiles socialement sont donc les plus exposés aux ruptures pédagogiques.
  • Disparités géographiques : L'efficacité du remplacement varie fortement d'une académie à l'autre, sans lien direct avec l'attractivité du territoire. Par exemple, l'académie de Limoges, pourtant dotée d'un bon potentiel de remplacement, affiche une efficacité moindre (90 %) que des académies réputées difficiles comme Créteil ou Amiens (94-95 %), qui ont su développer des outils de pilotage plus performants.
  • Matières en tension : Les heures perdues se concentrent sur des disciplines où la pénurie d'enseignants est chronique : mathématiques, français, technologie et allemand.
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Vers une révolution de l'organisation scolaire ?

Face à ce constat, la Cour des comptes ne se contente pas de demander plus de moyens, mais appelle à des réformes structurelles pour « préparer l'avenir » :
  • Annualisation du temps de service : La Cour recommande d'annualiser les heures des enseignants dès la rentrée 2027. Cela permettrait de placer les formations et réunions hors des heures de cours face aux élèves.
  • La bivalence : Pour fluidifier les remplacements, le rapport suggère de favoriser les enseignants capables d'enseigner deux matières (bivalence), une pratique courante chez nos voisins européens.
  • Mieux informer les parents : Face à l'inquiétude grandissante des familles, la Cour préconise une procédure-type de communication plus transparente sur les absences.
Enfin, la baisse démographique attendue dans les collèges est perçue par les magistrats non comme un risque, mais comme une opportunité pour redéployer les moyens et enfin limiter ce temps d'enseignement perdu.
Ce qu'il faut retenir en 3 chiffres :
  • 9 % : La part des heures de cours perdues au collège en 2023-2024.
  • + 41 % : La hausse des congés maladie ordinaire des enseignants en 5 ans.
  • 12 % : Le taux de remplacement des absences de courte durée, jugé « insuffisant ».