L'écart sur le coût total de la campagne de vaccination contre la grippe H1N1, entre le rapport de la cour des comptes et les prévisions vient en partie des dépenses prises en compte dans les estimations : la Cour des comptes comptabilise les vaccins donnés à l'OMS et les achats de masques de protection pour les agents d'administration, l'indemnisation des professionnels de santé libéraux mobilisés...

110 euros par vaccin contre la grippe H1N1 

Selon la cour des comptes "La campagne apparaît particulièrement coûteuse au regard du nombre de personnes vaccinées". 5,4 millions de Français se sont fait vacciner, soit un coût de 110 euros par personne vaccinée.

La Cour des comptes condamne le prix d'achat des vaccins, indiquant que les "laboratoires pharmaceutiques sont parvenus à mettre les Etats en concurrence et se sont placés en position favorable pour contracter".

La Cour des Comptes s'étonne  que le gouvernement n'ait pas diminué le nombre de vaccins commandé en apprenant qu'une majorité de Français ne souhaitaient pas se faire vacciner : 2,7 millions de doses ont été jetées.